Con l’aumento della popolazione, dal 1550, cominciò la costruzione della nuova chiesa parrocchiale dedicata alla Natività di Maria Vergine, patrona del paese.

Nel 1596 la chiesa di Andagna si separava dalla parrocchia matrice di Triora in ottemperanza agli ordini emanati un decennio prima dal Vescovo Mons. Nicolò Mascardi. Le autorità locali decisero allora di costruire un nuovo e più grande edificio di culto, all’interno dell’abitato, abbandonando l’antica sede della chiesa curata, dedicata a San Martino, il cui assetto originario si può datare attorno al XV secolo sulla base di alcuni frammenti lapidei collocati nei pressi dell’ingresso della stessa chiesa. Il nuovo progetto ebbe una gestazione di circa quarantanni, dal momento che l’inizio lavori è documentato nel 1644.

La chiesa parrocchiale, dedicata alla Natività di Maria Vergine, si trova nel centro del borgo. La sua prima pietra è stata posata nel marzo del 1644, e con essa furono murate nelle fondamenta una medaglia in ottone dorato con l’effige del Cristo che porta la croce e alcune reliquie dei santi Filippo e Pietro martiri. L’entusiasmo per la nuova chiesa fu grande, ma ben presto ci si rese conto di non avere i mezzi necessari per completare l’impresa. Per portare a termine l’opera si ricorse ad ogni possibile aiuto finanziario e nel settembre del 1749 la chiesa fu finalmente ultimata. Nel 1831, con Bolla papale di Gregorio XVI la chiesa di Andagna venne incorporata nella diocesi di Ventimiglia.

La chiesa parrocchiale Natività di Maria Vergine è situata nel cuore del piccolo paese montano, con accesso dalla piazza principale. La facciata, assai semplice ed intonacata, è caratterizzata dal bel portale in ardesia locale e conclusa da un coronamento a timpano con spirali laterali, sotto il quale si aprono tre piccole finestre inquadrate da un architettura dipinta. I prospetti laterali e la zona absidale, esternamente, sono in pietra a vista, così come il campanile, a pianta quadrata, posto sul lato destro e con copertura a squame in ardesia. L’interno, a navata unica, a pianta rettangolare è concluso da presbiterio, a piante rettangolare, ai lati del quale si trovano due cappelle. Altre cappelle sono ricavate nello spessore dei muri perimetrali, evidenziate da arconi entro i quali sono collocati gli altari. In controfacciata è posta la cantoria. La volta e le pareti sono riccamente ornate con decori geometrici, floreali e cornici dipinte che fingono architetture e decori in stucco che inquadrano sfondati di cielo. Questa decorazione, databile al tardo ottocento-primi novecento, convive con brani dell’originario impianto della metà del Seicento, periodo di costruzione della chiesa, rappresentati dai semicapitelli con volto angelico che concludono le lesene delle pareti laterali, dall’ornamentanzione dei due altari laterali.

All’interno della chiesa si trovano le reliquie di Santa Clementina, copatrona del paese, donata da Giovanni Battista Rodini. Il corpo di Santa Clementina venne prelevato dalle catacombe di Santa Ciriaca, cioè di S. Lorenzo fuori le mura e consegnato al canonico Rodini il quale provvide, a proprie spese, a far costruire un’artistica urna dorata, con cristalli ai tre lati; procurò far coprire il corpo della Santa con vesti appositamente confezionate impiegando stoffe pregiate e infine si fece carico del trasporto. L’atto di donazione venne rogato il 19 luglio 1789, dal notaro Francesco Maria Faraldi nella casa della famiglia Rodini. Nel 1929 gli artisti Pietro Tirso e Paolo Rodini sostituirono il vetro e ripararono alcuni ornamenti sciupati nel lungo tempo di 140 anni.
All’interno della chiesa, il quadro del XVI secolo raffigurante l’Annunciazione, attribuito al pittore Emanuele Maccario da Pigna.